El Jardín Botánico Nacional se fundó con el fin de estudiar, preservar e investigar la variada flora de la República Dominicana. Lleva el nombre Dr. Rafael Maria Moscoso en homenaje póstumo al primer botánico dominicano que se dedico intensamente y con claro criterio al estudio e investigación de las Ciencias Botánicas en país. Entre sus obras se destaca el Catalogus Florae Domingensis, escrita completamente en latín durante el 1943, y considerada su obra maestra.
El Jardín Botánico Nacional fue diseñado por el arquitecto dominicano Benjamín Paiewonsky y construido por el ingeniero Joaquín Ruiz, en marzo de 1972, e inaugurado el 15 de agosto de 1976. Paiewonsky fue el primer director, y quien permaneció en el cargo hasta el año 1996; luego ocupó la posición de director desde 1996-2007 el licenciado Milcíades Mejía Pimentel, quien en la actualidad funge como asesor del Botánico y presidente de la Academia de Ciencias de la República Dominicana y el licenciado Ricardo García, botánico de profesional que asumió la dirección desde 2007 hasta la fecha.